Het aftellen is begonnen! Je hebt slechts drie dagen de tijd om ervoor te zorgen dat de maan, die door een mysterieuze, kwaadaardige kracht uit zijn baan wordt getrokken, niet neerstort op het land Termina. Link zal die drie dagen steeds opnieuw beleven, en de magische Song of Time gebruiken om de kennis en vaardigheden te verzamelen die hij nodig heeft om het mysterie van Majora's Mask op te lossen.

In dit epische avontuur heeft Link magische maskers ter beschikking, waarmee hij kan veranderen in een Deku Scrub, een Goron of een Zora. Deze maskers geven hem de mogelijkheid om door de lucht te vliegen, over land te rollen en in zee te zwemmen.